Schr?dinger中的非键相互作用判定标准
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阅读： 2023/8/11 16:06:02
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作者 / 七八分
公众号 / 叮当学术
对于进行分子对接的小伙伴们来说，非键相互作用的分析必不可少，可以发现，使用不同的软件对同一文件的分析结果总是不同，这是因为不同软件对于各类非键相互作用的判定标准不同，因此，熟悉不同软件识别各类非键相互作用的标准就尤为重要。本期内容小编为大家介绍在Schr?dinger中各类非键相互作用的判定标准！
氢键（H-Bonds）
氢键由四个原子之间的关系来定义：给体氢原子（H）、与H键合的给体原子（D）、受体原子（A）以及与A键合的另一个邻居原子（B），即D–H...A–B。以下条件必须成立才能认定为有效的氢键：
H...A 距离必须小于2.8?（Maestro 默认值）或2.5?（Glide 默认值）；
D–H...A 角度必须大于120°（Maestro 默认值）或90°（Glide 默认值）；
H...A–B 角度必须大于90°（Maestro 默认值）或60°（Glide 默认值）。
需要注意的是Glide 和 Maestro 使用的默认值不同，可以在设置中选择更改使用Glide 或Maestro的标准???。
卤键（Halogen bonds）
卤素既可以作为给体，也可以作为受体。作为受体时，它与氢发生作用，类似于氢键，但具有自己的特性。作为给体时，它与电负元素的作用类似于氢，但也有一些差异???。
卤素作为给体的卤键定义方式类似于氢键，由四个原子之间的关系来定义：给体卤素原子（X）、与之键合的给体原子（D）、受体原子（A）以及与A键合的另一个邻居原子（B），表示为 D–X...A–B。以下条件必须成立才能认定为有效的给体卤键：
X...A 距离必须小于3.5?；
D–X...A 角度必须大于140°；
X...A–B 角度必须大于90°。
卤素受体键同样涉及四个原子之间的关系：给体氢原子（H）及与其键合的原子（D）、卤素受体（X）及与其键合的原子（B），表示为 D–H...X–A。以下条件必须成立才能认定为有效的受体卤键：
H...X 距离必须小于3.5?；
D–H...X 角度必须大于120°；
H...X–A 角度必须大于90°；
H...X–A 角度必须小于170°。
盐桥（Salt bridges）
盐桥由异电荷的原子在指定距离内定义，并且它们没有直接形成氢键。指定盐桥被识别时原子之间的最大距离默认值为5 ?。
芳香氢键（Aromatic H-Bonds）
芳香氢键由四个原子之间的关系来定义，与氢键类似（见上文）。对于氧和氮原子作为受体，标准是不同的。只有 sp2 杂化的氮原子会被考虑在这些类型的键中。
识别芳香氢键到氧受体原子的 H 原子最大距离的默认值为2.8 ?。
识别芳香氢键到 sp2 杂化的氮受体原子的 H 原子最大距离的默认值为2.5 ?。
识别芳香氢键到氧受体的给体最小 D–H...A 角度的默认值为90°。
识别芳香氢键到 sp2 杂化的氮受体的给体最小 D–H...A 角度的默认值为108°。
识别芳香氢键到 sp2 杂化的氮受体的给体最大 D–H...A 角度的默认值为130°。
识别芳香氢键的最小 H...A–B 角度的默认值为90°。
π-π 和接触标准（Pi-Pi and Contact Criteria）
接触
接触被分为三种类型：好的、不好的和糟糕的。标准基于以下公式：
C = D12 / ( R1 + R2)
其中 D12 是原子中心1和2之间的距离，R1 和 R2 是原子中心1和2的范德华半径。对于每种接触类型，C 必须单调递增，即 C(糟糕) < C(不好) < C(好)。默认值为：
好的接触：1.30
不好的接触：0.89
糟糕的接触：0.75
如果 C 的值小于截断值（但大于任何更小的截断值），则认为接触属于特定类型。
π相互作用
对于每种相互作用类型，都指定了最大距离和角度。默认值基于Marcou, G.和Rognan, D.的工作《Optimizing fragment and scaffold docking by use of molecular interaction fingerprints》，J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 195-207；这里使用的最大距离略大。
π-π，面对面（Pi-pi, face to face）
环心之间的最大距离的默认值为4.4 ?；
环平面之间的最大角度的默认值为30°。
π-π，边对面（Pi-pi, edge to face ）
环心之间的最大距离的默认值为5.5 ?。
环平面之间的最小角度的默认值为30°。
π-阳离子（Pi-cation）
阳离子中心与环心之间的最大距离的默认值为6.6 ?。
环平面法线与阳离子中心到环心连线之间的最大角度的默认值为30°。
以上就是薛定谔中对于非键相互作用的判定标准，这些默认值都可以在Maestro设置中进行更改。只需在菜单栏点击“Edit -> Preferences”打开设置，找到“Nonbonded Interactions”相关的设置就可以看到默认的设置并进行修改啦！
转自：“叮当学术”微信公众号
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