几个python小脚本

• 阅读： 2022/3/23 14:35:54

  两个我常用的python小脚本，做批量对接的时候常用且省事的~

  
  

  以下均是在Linux系统中完成~

  
  

  1. 创建与pdb文件同名的文件夹

  以下命令的功能是：创建与当前文件夹内pdb文件同名的文件夹，且把该pdb文件放在同名的文件夹内：

  
  

  import os

  import shutil

  for a in os.listdir('.'):

      if os.path.isfile(a) and os.path.splitext(a)[1]=='.pdb':

          print(a)

          os.mkdir(os.path.splitext(a)[0])

          shutil.move(a,f'{os.path.splitext(a)[0]}/{a}')

  2. 常用的循环命令

  依次进入每个文件夹中，将log文件转移到log_file文件夹中：

  
  

  for i in *;do cd $i; mv $i.log ../log_file;cd ..;done

  
  

  3. 提取所有log文件中第一个etotal

  该命令的作用是，将当前文件夹下的所有.log文件中的etotal提取出来，名保存在affinity.out文件中：

  
  

  
  

  
  

  import glob

  log_file = glob.glob('*.log')

  print "find the following log files......"+'\n\n'

  print log_file

  print "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<"+'\n\n'

  print ".......affinity extracting beginning......."+'\n'

  file1=open("affinity.out",'w')

  for i in log_file:

      file2=open(i,'r')

      data=file2.readlines()

      file2.close()

      for j in data:

          if len(j.split())>=2 and j.split()[0]=="1" and j.split()[1]=="1":

              affinity=i+"    "+j.split()[3]

              print affinity

              file1.writelines(affinity+'\n')

  print ".......the end......."+'\n\n'

  file1.close()

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