R语言弦图绘制-（单细胞互作弦图）

• 阅读： 2022/10/27 14:32:27

  弦图是一种非常常见的图形，表示互作联系，远的不说，就近期一直说的单细胞互作关系的展示上(iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程)，弦图露了很多次面！这里我们举个例子，说说简单的弦图绘制！

  首先准备互作数据，设置颜色，有几个项目就设置几种颜色。这里弦图的绘制采用的是circlize包的chordDiagram函数。

  setwd("D:/KS项目/公众号文章/环形弦图绘制")

  # 读取数据\设置颜色

  net <- read.table("df.csv", header = T, sep = ',')

  library(circlize)

  mycolor <- c("#DC050C", "#FB8072", "#1965B0", "#7BAFDE", "#882E72",

  "#B17BA6", "#FF7F00", "#FDB462", "#E7298A", "#E78AC3",

  "#33A02C")

  绘图。

  chordDiagram(

  x = net,

  grid.col = mycolor,

  directional = 1,

  direction.type = c("arrows", "diffHeight"),

  diffHeight = -0.01,

  annotationTrack = c("name", "grid", "axis"),

  annotationTrackHeight = c(0.05, 0.08),

  link.arr.type = "big.arrow",

  link.sort = TRUE,

  link.largest.ontop = TRUE,

  transparency = 0.25

  )

  还可以将弦取消，使用箭头连接，更加明了，连接线宽度设置数值，表示互作关系的强弱。

  chordDiagram(

  x = net,

  grid.col = mycolor,

  directional = 1,

  direction.type = 'arrows',

  diffHeight = -0.01,

  annotationTrack = c("grid","name"),

  annotationTrackHeight = c(0.05, 0.08),

  link.arr.type = "triangle",

  link.sort = TRUE,

  link.largest.ontop = TRUE,

  transparency = 0.5,

  col='#00000000',#弦的颜色，设置为无

  link.arr.lwd=net$value, #连线的宽度

  column.col = mycolor

  )

  最后，我们添加上标题和legend就完成了！

  #添加legend

  legend("right",

  pch=20,

  legend=unique(net$SOURCE),

  bty="n",

  col =mycolor,

  cex=1,pt.cex=3,

  border="black")

  title('Intercellular communication')

  这样就完成了

  转自：“KS科研分享与服务”微信公众号

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