betapart：分解β多样性的R包

• 阅读： 2022/4/21 9:19:17

  Beta多样性是指不同群落间物种组成的差异, 由物种周转(或物种替换)和嵌套(或丰富度差异)这两种过程决定。Beta多样性分解是将这两种过程对总体beta多样性的作用进行拆分, 然后分别探讨这两种过程对群落间物种组成差异的影响。2010年之后, 人们提出了beta多样性分解的方法, 其中占据主导地位的是由Andrés Baselga于2010年提出的BAS法(总体beta多样性分解为物种周转和嵌套组分)和由János Podani和Dénes Schmera于2011年以及José C. Carvalho等于2012年提出的POD法(总体beta多样性分解为物种替换和丰富度差异组分)。这两种分解方法引起了持续的争论, 促进了该领域的快速展。文末下载示例数据~

  β多样性分解的方法

  为了量化beta多样性的两种不同过程, Baselga(2010)基于S?rensen指数系统地提出了beta多样性的分解方法(简称BAS法), 即将两两群落间的总体beta多样性(βsor)分解为物种空间周转组分(βsim)和嵌套 组 分 (βsne) 。此 后 , Podani 和 Schmera (2011) 、Carvalho等(2012)基于Jaccard指数提出将两两群落间的总体beta多样性(βcc)分解为物种空间替换组分(β–3)和物种丰富度差异组分(βrich) (简称POD法)。

  哪个方法应用更广泛呢

  统计表明，BAS法应用更为广泛，所以后边的计算只讲BAS法

  计算示例

  首先，调用R包

  library(betapart)

  读取数据，数据长这个样子

  data <- read.csv(file.choose(),row.names = 1)

  行为物种名，列为样方

  计算S?rensen相异性指数

  BAS.sor.pair <- beta.pair(x=data,index.family="sorensen") #BAS 法分解 S?rensen

  具体指标

  #具体指标

  BAS.sor.pair$beta.sor #BAS 法成对相异指数 S?rensen

  BAS.sor.pair$beta.sim #BAS 法空间周转组分 βsim

  BAS.sor.pair$beta.sne #BAS 法嵌套组分 βsne

  只列举第一个，后边的就不列举了

  计算Jaccard相异性指数

  BAS.jac.pair <- beta.pair(x=data,index.family="jaccard") #BAS 法分解 Jaccard

  具体指标

  #具体指标

  BAS.jac.pair$beta.jac #BAS 法成对相异指数 Jaccard

  BAS.jac.pair$beta.jtu #BAS 法空间周转组分 βsim

  BAS.jac.pair$beta.jne #BAS 法嵌套组分 βsne

  只列举第一个，后边的就不列举了

  完整版代码如下

  library(betapart) #BAS 法

  #导入数据

  data <- read.csv(file.choose(),row.names = 1)

  # 计算S?rensen相异性指数

  BAS.sor.pair <- beta.pair(x=data,index.family="sorensen") #BAS 法分解 S?rensen

  #具体指标

  BAS.sor.pair$beta.sor #BAS 法成对相异指数 S?rensen

  BAS.sor.pair$beta.sim #BAS 法空间周转组分 βsim

  BAS.sor.pair$beta.sne #BAS 法嵌套组分 βsne

  #计算Jaccard相异性指数

  BAS.jac.pair <- beta.pair(x=data,index.family="jaccard") #BAS 法分解 Jaccard

  #具体指标

  BAS.jac.pair$beta.jac #BAS 法成对相异指数 Jaccard

  BAS.jac.pair$beta.jtu #BAS 法空间周转组分 βsim

  BAS.jac.pair$beta.jne #BAS 法嵌套组分 βsne

  示例数据及代码下载

  关注公众号“生态R学社”回复“多样性分解”即可下载完整代码与示例数据

  参考文献：

  [1]斯幸峰, 赵郁豪, 陈传武,等. Beta多样性分解: 方法,应用与展望[J]. 生物多样性, 2017, 25(5):17.

  [2]Andrés Baselga, C. David L. Orme. betapart: an R package for the study of beta diversity[J]. MEE, 2012, 3(5):808-812.

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